第二代试管婴儿对于优秀精子的挑选完全通过肉眼观察，根据“精子颜值”确定，因此一些内部存在缺陷的精子可能被误认为优秀的精子而进行受精。因此，一定程度上存在胚胎缺陷的风险高于第一代试管婴儿。

通过挑选优秀精子进行单精子注射，虽然第二代试管婴儿的受精率高，但优胚率、囊胚率以及妊娠率，可能比一代概率稍低;

通常情况下，第二代试管婴儿孕初期的流产率约高于5%，比第一代试管婴儿略高。

因第二代试管婴儿在第一代基础上，增加了卵胞浆内单精子注射技术，技术要求高，因而费用高于一代试管婴儿也是其弊端之一。

第二代试管技术主要是在显微镜下将单个精子直接注入卵母细胞血浆，使卵母细胞受精。这是一种人工授精技术。第二代试管技术主要适用于严重少精子症、弱精子症和畸形精子症、不可逆梗阻性无精子症、生精功能障碍(不包括遗传缺陷)、免疫性不孕、体外受精失败或受精率低、精子顶体异常等疾病的患者，主要针对男性患者。很多患者在使用第二代试管婴儿受孕生育后会发现自己的孩子有很多母亲或父亲的遗传病，因此不孕不育患者在选择这项技术时必须接受这样的缺陷，才能进行试管婴儿。在决定进行体外受精之前，会对女性的身体进行彻底仔细的检查。如果身体条件好，子宫环境有利于胚胎着床，可以进行。有生孩子的打算，但孩子会遗传父母代代相传的疾病也是必然的。术后多卧床休息，有利于胚胎的生长发育。

不少人都说尽量不要做二代试管，而另外的朋友九局的比较疑惑了，难道是二代试管婴儿的危害太大了？

而实际上这是一个误区而已，在临床上，并没有不能做或者是尽量不要做二代试管的说法。二代试管是适用于男性不育的一种生殖辅助技术，假如男性因为少精、弱精等无法让妻子自然受孕的话，而妻子的身体是健康的，这时候二代试管婴儿是最好的选择。虽然说二代试管在取精的时候会给男性带来一定危害，而且也很有可能导致胚胎带有遗传疾病或者是染色体异常的风险，但实际上这些概率是很小的，在生活中也有很多通过二代试管生下健康宝宝的成功案例。所以，大家千万不要担心二代试管带来的危害，只要是选择正规医院，通常是没有太大问题的。

总之，二代试管婴儿的危害并不是很大，甚至可以说不构成什么危害，即使是胚胎质量不佳，最多也就是不成功而已，不会生下有缺陷的宝宝的。在临床山，不论是一代试管、二代试管还是三代试管，没有过生出来的宝宝是不健康的案例。