2005年美国科学家做了一项研究，比较了1500名采用试管婴儿技术出生的婴儿、340名采用人工授精技术出生的婴儿和8400名自然受孕婴儿的出生缺陷发生率，发现三者的缺陷率分别2%，0%和4%。

试管婴儿出生缺陷率略高的原因，应是采用试管婴儿助孕的女性普遍存在着年龄偏大、原发疾病多等等不利因素，会影响胚胎、胎儿发育，相应的增加了婴儿遗传缺陷所致。

除了上述研究以外，目前关于试管婴儿的出生缺陷率报道不是否会增加出生缺陷也存在很大争议。

第二代试管婴儿技术(即卵胞浆内单精子注射技术)是将精子注射入卵子，许多人担心容易损伤卵子，引起孩子发育异常，但大多数研究未发现该技术导致出生缺陷增加。

近年来人们逐渐认识到体外培养对胚胎的基因后成修饰的影响，一些罕见的印记基因疾病如伯-韦综合征、安琪儿综合征与试管婴儿技术相关，但是这些印记基因疾病总的发生率小于12,概率非常低。

在一些特殊方面，试管婴儿是会减少遗传病的发生，比如通过采用第三代试管婴儿技术—胚胎种植前遗传病诊断，可以避免很多人类遗传性疾病遗传给后代，譬如地中海贫血、先天愚型等等，这是自然受孕无法做到的。

正常情况下，试管婴儿宝宝的性别都是因此生男生女的几率都是一样的，而且试管技术也是不能决定性别的，只是特殊情况下患有先天性遗传性疾病，为了避免遗传给孩子才会选择性别，都是必须有适应症的。

虽然说试管婴儿技术选择男孩才是男孩，选择女孩才是女孩，但是很多数据显示，第二代试管婴儿更容易生女儿，这是因为二代试管婴儿主要针对男性精子质量问题，那么就会筛选男性的精子，而带有X染色体的精子属于正常的外观，而y染色体的精子健康度要少，更不容易存活，所以生女儿的几率更大。

认为试管婴儿容易老的，一般来说是以为试管婴儿促排这个环节会引起卵巢早衰吧人们为什么会有这样的担心呢，那么是因为大家比较担心，试管婴儿在进行促排之后提前预支了自己之后几年的卵子，也担心促排药物的使用会影响到她们的卵巢功能，并担心因此而导致卵巢的衰老，但实际上在女性在月经初期的时候，卵巢当中是会出现若干个不同数量的基础卵泡的，即便仅仅是在自然的状态下它们也会随着时间的推移而发生变化，而在其中只有一个卵泡能够有机会发育为成熟的卵泡，也就是优势卵泡，然后会进行排卵，其余那些基础卵泡呢，则会自行退化闭锁。

到女性下次月经来潮的时候，另外的那些卵泡会被唤醒，并且开始成长发育，就这样一月一月周而复始……

由此可见，试管婴儿治疗相当于是利用排卵药物挽救了那些本该就会消失的卵泡，把这些卵泡也都列入到可生长发育的队伍当中来，促使这些卵泡也获得机会可以发育成长为成熟的卵泡，通过这样的方式来帮助女性朋友获得到更多的、适量的卵子来配合试管婴儿治疗。

促排卵药物的作用下，不仅能够挽救卵泡，而且它并不会干扰到其它的沉睡的卵泡，所以，不要担心。促排卵不会“提前透支”卵巢。目前相关报道也尚未发现进行过促排卵的人群有这种衰老加速等问题，因此女性们不必因谣言而过分担心。